国家海洋局第二海洋研究所创建于1966年，是一座学科齐全、科技力量雄厚、设备先进的综合型公益性海洋研究机构，隶属于国家海洋局。主要从事中国海、大洋和极地海洋科学研究；海洋环境与资源探测、勘查的高新技术研发与应用。
海洋二所建有国家海洋局系统内唯一一个国家重点实验室——卫星海洋环境动力学国家重点实验室和三个国家海洋局重点实验室，与浙江省共建有浙江省海洋科学院。此外，二所还建有检测中心、海洋标准物质中心、海洋科技信息中心等技术服务机构和技术支撑体系，在浙江临安建有占地80亩的分析测试基地。
全所现有海底科学与深海勘测技术、海洋动力过程与数值模拟技术、卫星海洋学与海洋遥感、海洋生态系统与生物地球化学、工程海洋学5个重大研究领域和19个重点研究方向，基本形成了适应国家需求和立足海洋科技发展前沿的科技创新体系和科研群体。
海洋二所共建有一条4500吨级的海洋综合科考船——向阳红10，该船满足深海海洋科学多学科交叉研究需求，于2014年3月入列国家海洋调查船队，2015年首航西南印度洋承担中国大洋矿产资源调查任务。同时，二所在浙江舟山长峙岛建有具备服务深海大洋勘探开发能力的装备研发基地。
全所现有在职职工400余人，其中中国科学院院士2人，中国工程院院士3人，浙江省特级专家3人，正高级专业技术人员94人，副高级专业技术人员107人，拥有一批在国内外有影响的学术带头人，形成了一支高素质、高水平、高技能的科技人才队伍。
海洋二所目前拥有国家级海洋工程勘察甲级证书、海洋工程设计甲级证书和海洋测绘甲级证书等资质，通过了国家计量认证的资质认定和国际质量管理体系ISO9001∶2008标准认证，主编出版海洋综合性国内学术核心期刊《海洋学研究》。
“十三五”正值起步，面对机遇与挑战，海洋二所将不断增强学术创新能力，加强科技研究水平，努力打造成为国家重大需求的科技智库和海洋领军人才的成长摇篮，为国家的海洋事业做出新的贡献。