方舟海运公司是博海方舟集团下属子公司，拥有雄厚的资金基础和显著的技术、人才优势。公司现有经营、技术骨干17人，平均年龄35岁，大都来自大连海事大学、上海海事大学、集美航海学院，具有多年从事海运行业的专业经验，精通多国语言。公司配备有现代化的办公设备、良好的交通及通讯设施、先进的电子信息平台。目前，海运公司主要承运亚洲范围尤其是中国进出口煤炭、矿产品、钢材、化肥等货物。主要经营的航线为：中国北方至东南亚、中东等地区的钢材、焦炭、化肥等出口货物；菲律宾、越南、泰国、印尼、印度、中东等地区至远东等地的能源进口。

方舟海运作为高风险、高收益的资金密集型行业，它的成功运作不过是起步之举。目前，博海方舟集团正在酝酿开通多条海内外航线，和有实力的货主强强联合，继续发展壮大船队。